Az EFOP-3.6.1-16-2016-00001 számú „Kutatási kapacitások és szolgáltatások komplex fejlesztése az Eszterházy Károly Egyetemen" című projekt a Széchenyi 2020 program keretében, az 1,180 forint európai uniós támogatás segítségével valósul meg. A projekt keretein belül 15 kutatócsoport végez alapkutatásokat és ráépülő egyéb kutatásokat. A kutatások az intézmény teljes kutatási vertikumát lefedik – a teljesség igénye nélkül – a történelemtudománytól kezdve a biológián, élelmiszerbiztonságon, tájhasználaton, informatikán, agrárinnováción és femtoszkópián keresztül egészen az egészségtudományig.
A pályázat legfontosabb célja, hogy az Eszterházy Károly Egyetemet segítse abban a folyamatban, melynek eredményeképpen az Intézmény, a szűkebb és tágabb társadalmi és gazdasági környezetbe integrálódva, elősegíti a régió felzárkózását, valamint a hazai és a nemzetközi felsőoktatási tér megbecsült szereplőjévé válik. A campusaink egy egyetemmé válásában komoly szerepet kap a tudományos munka. Fontos feladat a tudományos utánpótlás biztosítása, a fiataloknak a kutatási, oktatási folyamatba való bekapcsolása. Annak elősegítése, hogy a régióban diplomát szerzett tehetségek, itt kapcsolódjanak be a munka világába, csökkentve ez által az észak–magyarországi területek munkaerővesztését és növelve a felzárkózás esélyét. A pályázat tudományos programja négy fő területre koncentrál. Célzott kutatócsoporti támogatások segítségével olyan kutatási projektek finanszíroz, melyek területén a tudományos teljesítmény fokozása, a megkívánt gazdasági és társadalmi kapcsolatok előmozdítása, a fiatal kutatóknak a kutatási folyamatba való bevonása megtörténik. Kiemelt célterület az agrárinnováció, az IKT fejlesztés és a doktori iskolák kutatási portfóliójának a társadalmi és gazdasági környezettel való összehangolása. Az intézményi minőségfejlesztési program az az egyetemmé válás tudományos minőségfejlesztési oldalát támasztja alá, többek között a publikációs lehetőségek fejlesztésével, a fokozatszerzési eljárások valamint a fiatal kutatók konferencia részvételének és publikációinak támogatásával. Fontos elem a nemzetközi és hazai kapcsolatépítés, a kutatási programok tudományos disszeminációja. Az egyetemi szervezet– és folyamatfejlesztés keretében a kutatáshasznosítás és a kutatói minőségfejlesztés területét érintő programok valósulnak meg. Az itt vázolt komplex fejlesztés célja és tartalma tehát leginkább az innovatív egyetemmé válás gondolatában ragadható meg. Programunkkal egy olyan intézmény kialakulását kívánjuk elősegíteni, mely aktívan reagál az őt körülvevő környezet változásaira, a fejlődési folyamatok irányító faktoraként jelenik meg, és ez által tölti be azt a fontos társadalmi missziójellegű feladatot, mely létét igazán indokolttá teszi.